A PCO szindrómát ma még sajnos gyógyítani nem lehet, de megfelelő készítményekkel minden tünete megszüntethető, csökkenthető. A gyógyszeres kezelés célja egyrészt az inzulin rezisztencia kezelése, másrészt a férfihormonok hatásának kompenzálása, illetve a peteérés, tüszőrepedés elősegítése.
Az inzulinrezisztencia kezelésére elsődlegesen a cukorbetegek terápiájában is használt metformin hatóanyagú készítményeket ajánlják. Ez a gyógyszer általában pár hónap vagy fél év után kezdi kifejteni hatását. Jelentkezik az első spontán vérzés, szépül a bőr és megindul a fogyás.
Vannak azonban olyanok, akiknél a metformin szedése nem hozza meg a várt hatást, azaz nincsen ciklusuk fél év után sem, nem jön létre a terhesség. Esetükben további módszerek jönnek szóba. Ők kipróbálhatnak újabb generációs inzulinrezisztencia elleni gyógyszereket, pl. a glitazonokat is.
Azok a hölgyek, akik nem kívánnak teherbe esni, csökkenthetik tüneteiket bizonyos szájon át szedhető fogamzásgátlókkal is. A fogamzásgátló egyrészt csökkenti a méhnyálkahártya-ráknak (endometrium karcinóma) a magas ösztrogénszint miatti fokozott kockázatát, másrészt segít a férfihormonok szintjének csökkentésében is. A ciklus mesterségesen előidézhető ún. progeszteron származékokkal is, melyek szedése mellett rendszeres megvonásos vérzés jelentkezik.
Akik viszont teherbe kívánnak esni, azoknak a klomifen hatóanyagú készítményt javasolja az orvos. Ez nem hormon, hanem az agyalapi mirigy serkentésével aktivizálja a petefészket. Hátránya, hogy szedése alatt fokozott a veszélye egy nagyobb ciszta kialakulásának, szedését ezért ultrahangos megfigyeléssel kell követni. Ha a klomifen nem hatékony, egyéb olyan készítmények is kipróbálhatók, amelyek közvetlenül vagy közvetve a petefészket stimulálják.
A gyógyszeres terápia mellett egyre nagyobb teret kap az életmód változtatás is, mellyel a cél az, hogy a beteg megszabaduljon súlyfeleslegétől. Számos vizsgálat szerint ugyanis a PCO-szindrómában szenvedő nők egyharmadában a fogyás önmagában is képes a hormon egyensúly visszaállítására, így a peteérés, tüszőrepedés normalizálására, és segíthet az inzulinrezisztencia felszámolásában is.